Si has usado host virtuales en php podrás haber notado que a veces estos no cargan los script en php.
Para solucionarlo simplemente agregamos una directiva de php a nuestro archivo de configuración del host virtual ( vhost ). (/etc/apache2/sites-available/XXX.conf)
Ejemplo:
Dentro del directorio en el cual se encontrarán los archivos para el dominio virtual agregamos php_admin_flag engine on
allow from all
php_admin_flag engine on
De esta manera habilitamos php en nuestro vhost.