Cada server o persona puede configurar a su manera la dirección en donde se ejecutaran los CGI. Lo mejor es simplemente hacer un grep a los archivos de configuración para ver en donde tienen el directorio.
Como ejemplo en Ubuntu Server se puede ejecutar el comando en el siguiente directorio:
grep 'ScriptAlias' /etc/apache2/sites-enabled/*
Lo que por defecto devuelve tantas direcciones como sitios tengamos configurados
ScriptAlias /cgi-bin/ /usr/lib/cgi-bin/
Dependiendo de la distribución es posible que el archivo que contenga la configuración sea el httpd.conf, por lo que ejecutamos lo siguiente:
grep 'ScriptAlias' /etc/apache-perl/httpd.conf